Sekretar Ministarstva obavlja poslove od značaja za unutrašnju organizaciju i rad Ministarstva, koordinira i usmjerava rad svih organizacionih jedinica Ministarstva s ciljem realiziranja poslova koji su utvrđeni u programu rada Ministarstva i osigurava izvršenje poslova po nalogu ministra, upoznaje ministra o stanju i problemima u vršenju planiranih poslova te predlaže preduzimanje potrebnih mjera na rješavanju postojećih problema. Sekretar je odgovoran za korištenje finansijskih, materijalnih i ljudskih potencijala koji su mu povjereni, koordinira vršenje općih i drugih poslova kojima se osiguravaju odgovarajući uvjeti za rad organizacionih jedinica Ministarstva, stara se o unapređivanju unutrašnje organizacije i metoda rada Ministarstva, sarađuje s drugim organima uprave, upravnim organizacijama i preduzećima, stara se o izradi nacrta zakona i drugih propisa i akata, prati izradu planova rada i izvještaja o radu Ministarstva, prima i brine se o tajnim i povjerljivim dokumentima, priprema programe stručnog usavršavanja službenika Ministarstva i stara se o njihovoj realizaciji, vrši i druge poslove koje odredi ministar.

Poslove iz svog djelokruga sekretar ostvaruje u dogovoru s pomoćnicima ministra i drugim rukovodiocima osnovnih organizacionih jedinica, a pomoćnici i ostali rukovodioci osnovnih organizacionih jedinica dužni su postupiti po utvrđenom dogovoru.