Секретар Министарства обавља послове од значаја за унутрашњу организацију и рад Министарства, координира и усмјерава рад свих организационих јединица Министарства с циљем реализирања послова који су утврђени у програму рада Министарства и осигурава извршење послова по налогу министра, упознаје министра о стању и проблемима у вршењу планираних послова те предлаже предузимање потребних мјера на рјешавању постојећих проблема. Секретар је одговоран за кориштење финансијских, материјалних и људских потенцијала који су му повјерени, координира вршење опћих и других послова којима се осигуравају одговарајући увјети за рад организационих јединица Министарства, стара се о унапређивању унутрашње организације и метода рада Министарства, сарађује с другим органима управе, управним организацијама и предузећима, стара се о изради нацрта закона и других прописа и аката, прати израду планова рада и извјештаја о раду Министарства, прима и брине се о тајним и повјерљивим документима, припрема програме стручног усавршавања службеника Министарства и стара се о њиховој реализацији, врши и друге послове које одреди министар.

Послове из свог дјелокруга секретар остварује у договору с помоћницима министра и другим руководиоцима основних организационих јединица, а помоћници и остали руководиоци основних организационих јединица дужни су поступити по утврђеном договору.