Konzervatorsko-restauratorski radovi na objektu Ali-pašina džamija u Sarajevu realiziraju se preko Vakufske direkcije Bosne i Hercegovine, a financirani su iz sredstava Generalne direkcije vakufa Republike Turske.

Radove izvodi firma “Fajić” d.o.o. Mostar na osnovu projektne dokumentacije koju je izradio studio „URBING“ d.o.o. Sarajevo i stručnog mišljenja Zavoda za zaštitu spomenika.

Graditeljska cjelina “Alipašina džamija s haremom” u Sarajevu proglašena je nacionalnim spomenikom Bosne i Hercegovine u siječnju 2005. godine. Na nacionalni spomenik primjenjuju se mjere zaštite i rehabilitacije utvrđene Odlukom o proglašenju.

Prema projektnoj dokumentaciji radovi obuhvaćaju sanaciju svih vanjskih zidnih površina uključujući trijem i munaru, unutarnje zidne površine, mobilijar (mihrab, mahfil i mimber) te radove u haremu džamije turbe, česme i nišane.

Trenutačno se izvode radovi na uklanjanju krečnih premaza do najstarijeg sloja na svim unutarnjim zidovima (ravne zidne površine, kupola, lukovi, pandatifi), mobilijaru (mihrab, mahfil, i mimber) te na obijanje postojećih fuga na vanjskim zidovima. Slijede radovi na sanaciji oštećenja na kupoli i zidovima i to zapunjavanjem pukotina, injektiranjem i apliciranjem karbonskog platna i lamele.

Zaključeno je da se radovi izvode sukladno projektnoj dokumentaciji, načelima i standardima zaštite objekata kulturno-povijesnog nasljeđa te sukladno utvrđenoj dinamici radova.